Při pěstování vodních rostlin se snažíme vytvořit rostlinám přirozené, vhodné prostředí pro jejich zdravý růst a bohaté kvetení. Mohou se však vyskytnout fyziologické choroby způsobené nedostatkem světla, teplotou vody, její hloubkou, případně chemickým složením vody. Tyto choroby lze snadno eliminovat změnou místa nasazení. Většina rostlin je snadno přizpůsobitelná okolnímu prostředí a po zakořenění běžně rostou.
Za škůdce můžeme považovat hmyz, jehož larvy škodí na rostlinách okusem, požerkem, dolováním, děrováním, sáním šťáv, nabodáváním. Jedná se o larvy brouků (nosatcovití, plavčíkovití, rákosníkovití, vodomilovití), dvoukřídlích (pakomárovití, mouchovití, výkalnicovití), chrostíků a motýlů (hlavně zavíječe leknínového).
Mšice škodí na listech sáním a znečišťováním listů, jejich ochrana spočívá ve sražení proudem vody na hladinu.
Měkkýši, zejména plovatka bahenní a okružák ploský, konzumují kal na hladině, vše odumřelé, ze stěn ožírají řasy. Při jejich přemnožení však dochází k okusu rostlin.
Ochrana
Napadené rostliny většinou stačí opláchnout proudem vody, příp. ponořit celou rostlinu do vody. Vyvarujeme se chemickým přípravkům, které by mohly škodit např. rybám. Pokud je jezírko bez ryb, lze použít některý z přípravků např. na mšice (Mospilan). Přemnožené plovatky nebo okružáky, příp. jejich slizká vajíčka sesbíráme síťkou a umístíme na jiné vhodné místo.